Geschützt wird das Verzeichnis in dem sich die .htaccess befindet und für dessen unterverzeichnisse!
Ist die .htaccess in root Verzeichnis des Servers, dann gild der Schutz für den ganzen Server.
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RewriteCond %{HTTP_REFERER} !^http://(www|subdomain\.)?mydomain\.de(/.*)?$ [NC]
Also www.mydomain.de & mydomain.de und subdomain.mydomain.de
Man kann die Zeile auch mehrmals einfügen um weitere Domainen den zugriff zu gestatten.